Para que no te pase eso, prueba el material Sprite. Que está en ilumination. Te permite poner todas las capas con transparecia que quieras.
O bien si ya tienes los materiales puestos tienes que ir a las opiones de render y subir los valores en Refrection y Refraction. Bueno, es uno de ellos
Y aparte de tardarte mas el render, te hará las transparencias bien
